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El programa de Ingeniería Biotecnológica se desarrolla en la modalidad presencial, apoyado con las tecnologías de la información y la comunicación como recursos educativos mediadores del aprendizaje.

La principal estrategia metodológica que se usará en el programa de Ingeniería Biotecnológica será el aprendizaje basado en problemas que será abordado en todas las asignaturas, bien sea a través de proyectos de aula, laboratorios u otras actividades y será indispensable en las asignaturas de proyecto de ingeniería donde se desarrollan en forma sistemática las etapas de concebir, diseñar, implementar y operar productos, procesos o sistemas, integrando los conocimientos y las experiencias adquiridas durante la formación como ingenieros, para así identificar y generar posibles soluciones.

Estas estrategias se direccionan a partir del método científico y el método del ingeniero.

De manera paralela al plan de estudios, el estudiante de Ingeniería Biotecnológica también podrá realizar actividades de investigación a través de la participación en semilleros de investigación o proyectos de investigación que, junto con la flexibilidad curricular, le permitirán profundizar en los temas de interés, estimular la creatividad y fomentar el espíritu emprendedor.

También se implementarán otras estrategias metodológicas que promuevan el razonamiento crítico e incluyan la modelación y la simulación como metodologías para proponer una solución al problema investigado, verificando su validez en condiciones simuladas.